超声波清洗机在工业清洗领域的广泛应用，与超声波清洗剂的功劳是分不开的，也就是将超声波的机械物理作用与超声波清洗剂的化学溶解、软化等作用的相互结合，使超声波清洗机在清洗过程中达到最佳的清洗效果。由于各行各业清洗对象的千差万别，所带污垢的性质及沾污程度，清洗后对表面缓蚀或防锈要求、对清洗质量和经济效果的要求各有不同，所以超声波清洗机的清洗剂选用，必须根据具体条件具体分析，择优综合选用。
超声波清洗机使用的清洗剂通常可分为溶剂清洗剂和水基清洗剂
1）水基清洗剂是以水为基质的清洗产品，超声波清洗机使用过程中所选用的清洗剂一般以水基型的清洗剂为主，水基清洗剂如果不具备防锈功能则加快了金属资料的生锈，原因是清洗后将表面的维护层去掉了会加快生绣。如果对防锈有要求则应该选用带防锈功能的水基清洗剂，凡事有利也有弊，如果水基产品增加带防锈的一些成份，这些成份又有可能降低水基清洗剂的清洗功能，其清洗力可能会下降。
水基清洗剂与有机溶剂为基质的产品相比有很多优点，例如价格便宜，使用安全方便等。水基清洗剂最大的不同还是使用超声波清洗机清洗完毕之后需要进行漂洗和干燥，而这些步骤通常需要投入新设备。这些设备既可应用于大规模的生产也使用于小批量的应用。这种设备的投资回报通常少于一年，在此之后，它就可成为真正节省成本的清洗方法。所以如果超声波清洗机在使用中要求清洗费用较低，对清洗的挥发也没有要求，对防锈不敏感，则可选用水基类型的清洗剂。
2）溶剂清洗剂一般指可快速挥发的有机物质溶剂，主要分为碳氢化合物和氯化有机物。碳氢化合物溶剂具有相对较低的毒性，较好的材料兼容性以及多种的挥发率和多温度的燃点。氯化有机溶剂毒性相对较大，材料兼容性较差，但它们可快速干燥并且不易燃烧。在大规模生产时，这两种有机溶剂一般均需要专业的超声波清洗机以满足防毒的需要或由于其燃点而引发的问题。
溶剂清洗剂优点在于清洁度高，不用干燥，溶剂本身可通过蒸馏再生循环使用，另外解决了水基清洗剂废液处理困难的问题，不需作废液处理设备的额外投资。如果清洗的对象要求挥发快，清洗效率高，且具有防锈的要求即可考虑选用溶剂清洗剂。缺点是成本高, 易燃, 此外溶剂的气味对于工作环境会有影响，尤其是使用不封闭的半自动超声波清洗机时。
超声波清洗机对于清洗剂的选用原则
超声波清洗机上使用的工业清洗剂品种繁多,但没有全能型的清洗剂,一般都为专用型，应当针对所清洗对象的材质、清洗要求的不同，污垢的不同等，最好利用超声波清洗机进行工艺试验，然后选用。但在选用时应主要考虑几点：
（1）清洗剂的主要成分； （2）清洗剂的各项物理性能；（3）清洗剂的主要特征及注意事项； （4）清洗剂的适用范围(主要用途，污垢对象等)；（5）清洗剂的清洗条件，方法与实施可能性； （6）排液与废液处理方法； （7）清洗剂的成本； （8）有关清洗的法规等。
超声波清洗剂在使用中应注意的问题
1） 超声波清洗机的清洗剂可以循环使用。这种清洗方式可以节约大量的清洗剂，每次使用完超声波清洗机后，最好将清洗剂放入容器中，下次使用时再倒入清洗槽，余下的沉淀物可处理掉。如清洗剂的浓度不够时，适量加入一点即可重复使用。
2）尽量多了解清洗剂的物理特性。可以使超声波清洗机的清洗效率大大提高，例如粘度低的清洗剂适用于间隙清洗；沸点低的挥发损失较多，但适用于蒸汽清洗；根据不同清洗剂选择适宜的温度对于清洗效果的影响很大等等。
3）废液处理问题。以水系清洗剂为例，由于超声波清洗机在清洗后的废液中含有油脂污垢、泥砂、积炭、金属屑与极性氧化物等，使水质不符合排放标准，应进行处理。一般处理可分三步：
（1）用物理方法沉淀静置与过滤，去除悬浮物、浮油和沉渣；
（2）破乳化油、盐析、凝聚、气浮与电解相结合，达到油分离；
（3）污水净化，可用生物化学法，臭氧法，砂滤活性碳吸附法等。
经过三级工艺处理的废水可达到国家废水排放标准。